El convento de las Capuchinas fue construido a finales del siglo XVI por testamento del regidor Juan Rodríguez Cano y su mujer Beatriz de Contreras. Rodríguez Cano había adquirido una gran fortuna como indiano, y contaba que en su viaje de retorno a Europa se había salvado de una peligrosa tormenta gracias a una imagen de la Virgen de Copacabana que traía en el barco, por lo cual decidió fundar un templo en el que albergar esta imagen

El fundador del convento murió con herederos menores de muy corta edad, por lo que no pudo cederse a una orden religiosa hasta 1635, cuando su nieto Juan de Nebrija y Cano gestionó los trámites para su apertura. El convento se cedió a la Orden de Clarisas Capuchinas y en 1636 llegaron las primeras ocho monjas de clausura, procedentes del convento que esta orden tenía en Madrid.
Existe riesgo de desaparición de la comunidad capuchina por falta de vocaciones: en setiembre de 2015, las monjas abandonaron su convento placentino para trasladarse a Granada, aunque regresaron en febrero de 2016