El 1 de febrero de 1836 se aprobaba un real decreto con el fin de llevar a cabo la venta de bienes nacionales de cualquier clase, que hubiesen pertenecido a las comunidades y corporaciones religiosas extinguidas y los demás que hubieran sido adjudicados a la nación por cualquier motivo. Para llevar a cabo tal fin, se aprobó en 1 de marzo de ese año una Instrucción en la que se establecía una Junta para tratar y resolver cuanto no fuera de mera ejecución en la venta de los relativos bienes.
La Dirección General de Rentas y Arbitrios de Amortización era la encargada de la enajenación de los bienes nacionales en todos sus ramos. Su director y dos personas asociadas, elegidas entre los Procuradores del Reino, compondrían la Junta de Ventas.
Una segunda etapa de la Junta comenzó con la aprobación de la Ley de 2 de septiembre de 1841 por la que se enajenaban los bienes del clero secular. Para ello, se ejecutó una nueva reorganización dentro del Ministerio de Hacienda en virtud Real Decreto de 12 de agosto de 1842, según el cual se suprimió la Dirección General de Arbitrios de Amortización, pasando las competencias a la Dirección General de Rentas Unidas y creándose la Administración General de Bienes Nacionales con las siguientes competencias:

• La administración de todas las fincas rústicas y urbanas, censos, foros y derechos que procedan de la propiedad territorial que pertenezcan al Estado.
• Secuestros autorizados por la ley.
• Cobro de sus productos y su aplicación a los objetos a que se hallen destinados.
• La recaudación de los valores de las fincas vendidas al vencimiento de los plazos.
• Llevar el registro general de fincas en una sección dentro de la Administración General.
  Junto a ella, se estableció la Junta Superior de Venta de Bienes Nacionales para la venta de los mismos, aunque por los Reales Decretos de 26 de julio y 8 de agosto de 1844 se suspendieron la venta de bienes del clero secular y de los conventos de monjas, devolviéndose al clero de los bienes no enajenados en virtud de la Ley 3 de abril de 1845.
  Poco después, por Real Decreto de 11 de junio de 1847 se suprimió la Real Caja de Amortización, la Administración General de Bienes Nacionales y la Junta de Ventas de Bienes Nacionales, creándose la Dirección General de la Deuda con 3 secciones:
  1- De Liquidación
  2- De Amortización
  3- De Bienes Nacionales
  Sin embargo, en el Real Decreto de 14 de enero de 1848 se creaba una nueva dirección con el nombre de Dirección General de Fincas del Estado, restableciéndose la Junta de Venta de Bienes Nacionales, pasando a ser presidida por el Director General de Fincas.
  Finalmente, la Junta de Venta de Bienes Nacionales fue suprimida por Real Decreto de 22 de julio de 1853. Las causas más importantes de dicha supresión fueron:
• La firma del Concordato con la Santa Sede por el cual el clero se incautaba de sus bienes.
• Se dictó una Real orden en 13 de mayo de 1851 que suspendía la venta de bienes del clero regular y secular.
• Sólo quedaba la adjudicación de los bienes y redención de censos de la Orden de San Juan de Jerusalén que podía resolverse gubernativamente por la Dirección General de casas de moneda, minas y fincas del Estado.