El Consejo de Cruzada se creó en los primeros años del siglo XVI para gestionar los ingresos de la Bula de Cruzada y se suprimió por Real Decreto de Fernando VI de 8 de junio de 1750, siendo reemplazado por la Dirección y Contaduría General de las tres Gracias de Cruzada, Subsidio y Excusado, órgano que cambiará su denominación, en 1754, por la de Comisaría General de Cruzada. La Comisaría será suprimida por el Concordato con la Santa Sede del año 1851. El Consejo de Cruzada entenderá en la administración de las rentas de Cruzada, Subsidio y Excusado (Tres Gracias), siendo éstas aportaciones de origen eclesiástico en favor de la Corona que se gozan por concesión temporal y prorrogable de la Santa Sede. Las Ordenanzas de 1554 y las Instrucciones de 1771 regulan su funcionamiento como órgano consultivo y de gobierno teniendo como función principal la gestión de los ingresos de las 'Tres Gracias' en los reinos de Castilla, Aragón, Italia (Sicilia y Cerdeña) e Indias. Su organización y funcionamiento se realiza en dos ámbitos territoriales: uno centralizado en la Corte y el otro periférico para la 'administración, predicación y cobranza de las Cruzadas y otras Bulas'. Tras la supresión del Consejo por el Concordato de 1851, sus funciones pasan a la Archidiócesis de Toledo, y el arzobispo usará el título de Comisario General de Cruzada.