A partir del Capítulo general de Toledo de 1588, de la Orden de San Agustín, se estableció que los monasterios de la orden que quisieran vivir una vida de mayor austeridad podían hacerlo, pero sin separarse formalmente de ella. Es decir, conservaron la autonomía pero bajo el gobierno del prior general de la orden. De ese modo dio inicio la Orden de los Agustinos Recoletos, que también llevó consigo a numerosos monasterios femeninos que querían vivir la recolección.
El movimiento de la recolección agustina femenina inició en diversas partes del mundo de manera independiente. Tres vertientes hubo al origen de la Orden de Monjas Agustinas Recoletas. La primera comenzó a partir de 1589, con la fundación del monasterio de Madrid, por parte de Alonso de Orozco. El segundo inició por obra de Agustín Antolínez y de Mariana de San José, cuando fundan el monasterio de Éibar, en España, y al que se integraron la mayoría de los monasterios recoletos españoles. La tercera vertiente nació en México, cuando se federaron diversos monasterios recoletos mexicanos a la cabeza del de Puebla de los Ángeles, fundado en 1688 por Manuel Fernández de Santa Cruz.
A pesar de la diversidad de origen de los monasterios recoletos, fueron unificados en una misma orden religiosa, bajo unas misma constituciones a partir de 1936, con la aprobación del Papa Pio XI aunque cada uno continúa manteniendo la autonomía característica de las órdenes de clausura
