Todo archivo institucional tiene su origen en cuanto la propia institución genera o recibe documentación y la guarda o custodia para desarrollar su actividad, en el caso del Obispado de Plasencia, este se erigió canónicamente en 1189 con la bula de Clemente III, pero hasta el Concilio de Trento y la Real Provisión de Felipe II de 12 de julio de 1563 no encontramos su origen oficial.
Esta normativa oficial se afianzo por Benedicto XIII con la Constitución Máxima Vigilantia, aprobada el 14 de junio de 1724, cuya finalidad era organizar los archivos de la Iglesia a escala mundial, con especial dedicación a los archivos diocesanos.
En 1774 se termina la construcción del palacio de estilo colonial del Obispado de Plasencia, siendo Obispo de Plasencia José González Laso, y no se sabe en qué época se trasladaron sus legajos a la parte más baja del palacio que se utilizaba de caballerizas.
El Archivo Diocesano actual, como archivo organizado, es muy reciente. Fue el obispo Antonio Vilaplana Molina, quien, personalmente y con la ayuda de algunos seminaristas mayores, por los años ochenta, mandó poner las estanterías y sistematizó la introducción en cajas de los distintos documentos. Con anterioridad a esta fecha la documentación estaba apilada, atada con cuerdas, en las salas más bajas del palacio, correspondientes a las antiguas caballerizas. Sin embargo, las diferentes etiquetas agrupaban por años o por arciprestazgos los escritos homogéneos. Esta obra, ingente en su iniciación, fue continuada por su primer Director Francisco González Cuesta nombrado en 1987. El Archivo Diocesano ocupaba cuatro salas, tres más pequeñas y una muy grande situadas en la primera planta del palacio episcopal, bajo el salón del trono y demás dependencias de la antigua y señorial residencia del obispo.
Desde estas dependencias de la primera planta se volvió a trasladar parcialmente el 28 de abril de 2016, siendo el Obispo de Plasencia Amadeo González Magro y su directora Carmen Fuentes Nogales, a la planta baja de dicho palacio, una vez ya acondicionado.
El 8 de enero del 2024 el Obispo de Plasencia Ernesto Brotons Tena decreto la diferenciación del Archivo Diocesano en dos: Archivo de Curia del Obispado de Plasencia y Archivo Histórico Diocesano de Plasencia, siendo este último responsable de toda la documentación anterior a 1960.
