La feligresía de la localidad de Malpartida de Plasencia tenía su iglesia en la de San Juan Bautista de Plasencia, hasta que se erige la de su localidad y se inicia la construcción de su iglesia en 1551 con el patrocinio del Obispo Gutierre de Vargas Carvajal
Se han sucedido distintas intervenciones para su recuperación. Así, en 1972, se procedió al desmontaje y posterior reconstrucción del coro y, en 1995, se acometió una amplia intervención en la que se recuperaron, entre otros elementos, las cubiertas, la torre, el campanario, los ventanales o las fachadas. Asimismo, el Retablo Mayor, ha sido objeto de una importante restauración en los años 1997 y 1998.
Fue declarado Bien de Interés Cultural en la categoría de Monumento por la Junta de Extremadura, en octubre de 2018.
