La fundación de este convento fue por el traslado de ocho religiosas del convento de Cabeza de Buey en 1533, a las casas llamadas del recaudador contiguo a la Iglesia de San Clemente. El beneficiado de está iglesia era Luis de la Cerda, canónigo de Sigüenza, que cedió la Iglesia a las monjas el 5 de enero de 1534. El Obispo Gutierre de Vargas Carvajal lo aprobó y dio licencia para la construcción del convento con el uso de la Iglesia de San Clemente. Ratificado por el breve de Pablo III.
En su origen pertenecía a la provincia franciscana de Santiago pero el 15 el 7 de 1548 se crea la provincia de San Miguel y pasa a pertenecer a esta.
Actualmente, las religiosas que vivían en el convento se han trasladado a otro de nueva creación y ocupa el antiguo convento el Parador de Turismo desde 1984
Santa Beatriz de Silva es la fundadora de la Orden de la Inmaculada Concepción, también conocida como Concepcionistas Franciscanas. A ella se le conoce como la mujer del rostro velado. Su vida se manifiesta como la mujer del silencio, ya que no se conserva ningún manuscrito de ella.
En 1484 junto con otras doce religiosas se funda en el Palacio de la Galiana, en Toledo, con la aprobación de las constituciones.
Posteriormente el papa Inocencio VIII en1489 con la bula Inter Universa aprueba la fundación de la orden. Su fundación fue para honrar e imitar la Concepción Inmaculada de María. Las Concepcionistas son monjas de estricta clausura (clausura papal), dedicadas a la oración contemplativa. Su hábito consta de una túnica y escapulario blancos, toca, medallón en el pecho con la imagen de la Madre de Dios comúnmente, velo negro y capa azul