En 1489 los monjes dominicos se trasladan a este convento desde el lugar conocido como Papanaranjas de Trujillo autorizado por bula pontificia, el nuevo edificio fue construido en terrenos cedidos por el Ayuntamiento y tomó el nombre de la calle en la que está situado y de la plaza de enfrente.
En 1604 el Obispo de Plasencia Pedro González de Acebedo le concede una dote para fundar una catedra de Teología y Moral, a la que se añadió en 1619 otra de Arte y Estudios Generales.
Posteriormente en 1809 las tropas francesas saquean, destrozan, queman los altares y ultrajan sus imágenes dando muerte a su Prior, dos años después en 1811 las tropas inglesas lo convierten en cuartel, aunque los frailes volvieron en 1814, el comisario político de Badajoz reclama la extinción y reforma en 1820, siendo finalmente subastados sus bienes por Real Orden en 1836.
El origen del convento hay que situarlo en plena expansión de la observancia, apoyada por los Reyes Católicos y el Cardenal Cisneros. La bula papal de Alejandro VI, de 31 de octubre de 1500, donde establece que los franciscanos se asienten en Trujillo, usando para ello el solar de una antigua mezquita. Un año más tarde, el 8 de diciembre de 1501, los Reyes Católicos mandan una carta al obispo de Plasencia cediendo a los observantes de Trujillo una mezquita que poseían los árabes, a fin de hacer en ella un convento.
La fundación fue completada con lo que estipulaban varias cédulas, así tenemos la de 15 de abril de 1502 en la que se adhiera al convento una mezquita, la del 14 de septiembre del mismo año por la que se establece la venta de casas para el convento, o la de 25 de noviembre de 1505, año en que comienzan las obras, en la que se ordena compra de terrenos para el mismo fin. En 1513 la comunidad de frailes estaba asentada en el convento.
Las obras de la iglesia finalizaron en noviembre de 1599, inaugurándose el templo el 26 de mayo de 1600; data también de entonces el claustro, pero no así la cúpula y la linterna del crucero, que se realizaron durante el siglo XVIII
En 1835 el convento cierra sus puertas debido a la exclaustración decretada por Mendizábal.
El 10 de agosto de 1218, san Pedro Nolasco fundó en Barcelona la Orden de la Virgen María de la Merced de la redención de los cautivos, con la participación del rey Jaime de Aragón y ante el obispo de la ciudad, Berenguer de Palou.
Por la confirmación del Papa Gregorio IX, el 17 de enero de 1235, la Iglesia testificó la acción del Espíritu Santo en la fundación de la Orden; la ratificó en la práctica de la regla de San Agustín; le dio carácter universal incorporándola plenamente a su vida y sancionó su obra como misión en el pueblo de Dios.
Entre 1776 y mediados del s. XIX se producen las últimas redenciones de cautivos,11 por lo que desde ese momento se hace necesario redefinir las funciones de la Orden. Así, desde la restauración de la Orden en 1880 por el Maestro General P. Pedro Armengol Valenzuela, se produjo una reflexión para profundizar en cuál debía ser la tarea de los mercedarios en los nuevos tiempos.
A partir de ahí, abren colegios y se establecen misiones. Destaca también su presencia en las guerras de los Grandes Lagos Africanos
En las Constituciones de la Orden, en vigor, de 1986 se definen sus actividades
Tiene su origen en la fundación de un cenobio en el primer decenio del siglo XVII gracias al patrocinio del Concejo y de la familia Pizarro, que intercedieron ante el rey para que se establecieran los mercedarios en las casas de la Obra Pía de Catalina de la Cueva.
A mediados del siglo XVII se trasladaron a este otro lugar, donde construyeron su convento entre 1660 y 1680, interviniendo en las obras los maestros de arquitectura Francisco Díaz y Alonso Ramos.
La guerra de la Independencia ocasionó serios destrozos en el convento de la Merced, y en 1820 fueron exclaustrados sus frailes.