Fundado en 1475 por el bachiller Alonso Ruiz de Camargo y su primera mujer, Sevilla López de Carvajal; ya en 1484 la comunidad estaba constituida y su abadesa confirmada por el Papa Inocencio VIII. Su advocación original fue la Santa Ana y estuvo ocupado por religiosas de Santa Clara de la orden de San Francisco. Las donaciones se suceden. Durante la primera visita de los Reyes Católicos en 1488 donaran la cantidad de 17.000 maravedíes cada año, y en su segunda visita en 1495, les donara una casa contigua al convento que perteneció a judíos. Entre los nobles y prohombres que realizan donaciones, podemos citar al maestre de Alcántara D Juan de Zúñiga y Pimentel, al valido de Felipe III, conde de la Oliva, D Rodrigo Calderón y al Sr. Racionero de la Catedral Sánchez Tamayo.
Tras los procesos desamortizadores, producida la exclaustración de sus religiosas en 1836, no pudo reanudarse la vida conventual al no contar con número suficiente de monjas

Fundado como beatario se convertiría en convento de franciscanas gracias a las donaciones hechas en su testamento por Miguel Sánchez Yangüas y la aprobación del 27 de enero de 1417 por el Obispo Gonzalo de Zúñiga de su incorporación a la Tercera Orden de San Francisco.
Alcanzaría su mayor esplendor un siglo después cuando el matrimonio formado por un conocido militar de la ciudad, Cristóbal de Villalba, y su esposa Estefanía de Trejo y de la Cerda se convierten en patronos de la institución. Fundaron capilla para instalar en ella sus enterramientos. En 1517 muere Cristobal de Villalba que sería enterrado en la iglesia en la que se instalaría una estatua orante del difunto.

Ya en el año 1582 el convento se establece como casa de clausura perdurando esta condición hasta el siglo XXI.
A lo largo de la historia ha sido reformado en varias ocasiones. En el año 1867 hay una reforma importante del artesonado, y en el año 1879 se realiza otra reforma importante en el enlosado.
El último siglo, el convento ha estado habitado por monjas pertenecientes a la Orden de la Inmaculada Concepción
Ya en la actualidad el convento ha ido perdiendo a su comunidad lo que ha provocado graves problemas. En 2006 ocupaban la casa cinco religiosas dedicadas a la venta y elaboración de dulces y esporádicos trabajos de imprenta. Ya en 2014 sólo residían en el convento tres religiosas. La avanzada edad de alguna de ellas obligó a las instituciones responsables a ordenar el traslado de estas monjas a otra residencia en Sevilla.

El Padre de la Cueva, sacerdote trujillano y don Francisco Sánchez, son los que consiguieron que se construyera el convento para Religiosas de la Orden Clarisas Descalzas de la 1ª Regla de Santa Clara, Orden fundada por Francisco de Asís. Ellos iniciaron las trámites en Madrid, donde se desplazó el Padre Cuevas para proponer la fundación al Padre Comisario de la Orden de Clarisas Descalzas de la 1ª Regla de Santa Clara y en principio obtiene la aprobación necesaria, subordinándola al visto bueno de la Superiora del Convento de las Descalzas de Princesa, casa Madre de la Orden, las cuales no pusieron ningún impedimento.
Inauguraron con la colaboración de dos hermanas beatas de Plasencia que se instalaron inicialmente en unas casas colindantes que habían donado unas devotas. Pronto dejarían atrás las penurias económicas debido a la gran devoción que levantó en Trujillo este convento. El Obispo de Plasencia Martín de Córdoba y Mendoza dio licencia el 18 de agosto de 1574 para levantar en nuevo edificio.
Entraron a vivir junto con nobles doncellas en su nuevo alojamiento el 8 de septiembre de 1574, bendiciéndose el 29 de ese mismo mes bajo la advocación de San Antonio de Padua. El templo tardó dieciséis años más en ser finalizado.
La fecha de fundación es del 6 de septiembre de 1574 por el Obispo de Plasencia Martín de Córdoba y Mendoza y para ello se trasladaron religiosas de las Descalzas Reales de Madrid.
A partir de 1629 que se instala el convento de la merced ocurren problemas de convivencia entre las dos comunidades.
Contaron con donaciones de Ana de Austria y Felipe II, Felipe III, Felipe IV, el concejo trujillano y el obispo placentino entre otros.
Se destruyó parte del convento durante la invasión francesa, pero a pesar de la belicosidad nunca estuvo cerrado, pues algunas monjas se negaron a abandonarlo.
Por el clima de antirreligioso que se respiraba a consecuencia de la proliferación de la masonería y los decretos de Mendizábal tuvieron que partir las religiosas a cobijarse en el convento de Santa Clara de la misma ciudad.
El inmueble fue vendido por vía judicial y actualmente se encuentra un establecimiento hotelero en sus instalaciones después de su rehabilitación