Según historiadores de Trujillo el Convento de las Jerónimas fue construido sobre el palacio solar de los Vargas, fundado hacia el siglo XIII, aunque el dato que se tiene más antiguo de su existencia es del año 1478 (siglo XV), que es la fecha de una donación que hicieron los Reyes Católicos a este convento. El monasterio no se ha construido de nueva planta, sino que fue una casa o palacio.
En el año 1966 la Comunidad se trasladó al Palacio de San Carlos de esta misma Ciudad, ya que el Monasterio de Santa María de la Concepción (el actual Convento) amenazaba ruina, el palacio al que se trasladaron fue cedido temporalmente por el Duque de San Carlos, emparentado con la Madre Cristina de Arteaga, hija de los Duques del Infantado, el traslado ha durado 45 años y la restauración del antiguo convento duró 20 años, hasta el 24 de noviembre de 2010 que regresaron al convento originario.