Los frailes franciscanos están integrados en la Orden primera (Ordo Fratrum Minorum), fundada en 1209 por Francisco de Asís y con regla propia aprobada en 1223. Junto a esta orden fueron fundadas otras dos: la Orden segunda, fundada por Santa Clara y formada por mujeres (clarisas y concepcionistas) y la Orden tercera, formada por seglares de ambos sexos, cuyos integrantes reciben el nombre de terciarios. La llegada del franciscanismo a España está situada en un fecha a caballo entre 1213 y 1214, en este tiempo San Francisco de Asís viajo junto a su discípulo San Bernardo de Quintaval a la península para realizar una peregrinación a Santiago de Compostela, fue en este momento cuando, según la tradición, decidió fundar conventos en España.
Ya en 1217 España estaba constituida como una de las cinco provincias franciscanas de fuera de Italia, en 1232 esta provincia se subdividía en otras tres: Santiago, Aragón y Castilla. A finales del siglo XIV, 42 conventos formaban parte de la provincia de Santiago, 37 de la de Aragón y 44 de la de Castilla. Los franciscanos, que basaban su actividad en el apostolado, fueron cobrando cada vez mayor importancia en los distintos reinos de España, llegando recibir en 1398, por parte de Martín el Humano, el oficio de confesores de la familia real de Aragón a perpetuidad. Enrique III de Castilla hizo orlar sus armas reales con el cordón franciscano e hizo obligatoria la festividad de San Francisco en todos sus dominios. Franciscanos conventuales y observantes: Este éxito provocó una relajación en el cumplimiento de la regla que tuvo su respuesta en el siglo XIV, cuando varios religiosos se opusieron a esta relajación de costumbres y dieron lugar a movimientos de reforma conocidos como "observancias". Entre los principales reformistas franciscanos españoles encontramos a Juan de la Puebla, Juan de Guadalupe, Pedro de Santoyo, Pedro de Villacreces, Lope de Salinas o san Pedro Regalado. La observancia terminó de consolidarse definitivamente en España en el siglo XVI, contando con el apoyo del Cardenal Cisneros. Este siglo fue un siglo de cambios en la orden de San Francisco, en Italia, el papa Clemente VII daba independencia a la rama franciscana de los capuchinos, y en España el número de religiosos observantes superó al de conventuales, que así eran llamados los franciscanos que quisieron continuar con una visión más relajada de la regla, negándose a abrazar la reforma.
El 29 de mayo de 1517 fue promulgada la bula "Ite vos" por la que era reconocida la división entre observantes y conventuales. Los observantes obtenían el sello y la denominación original de la orden, Ordo Fratrum Minorum, al mismo tiempo que situaban a su superior como ministro de la orden. El superior de los conventuales, en cambio, obtenía el rango de maestro general, que dependería en adelante del ministro general (observante) a la hora de ser electo. Así comenzaba para los conventuales un periodo de decadencia que culminó con su desaparición durante el reinado de Felipe II, que instó al papa Pío V a que firmara el breve Maxime cuperemus, de 2 de diciembre de 1566, por el que ordenaba que fuera extinguida la Orden de los Franciscanos Conventuales en todos los reinos de España. En 1567 la supresión de los conventos de franciscanos conventuales había sido realizada, no volviéndose a restaurar la orden en España hasta 1904.
Descalzos: Ya en el siglo XV fray Pedro Villacreces (1350-1422) había instaurado, desde la observancia, una nueva vía religiosa con un cumplimiento mucho más riguroso de la regla. Formó una comunidad en el convento de la Salceda (Tendilla, Guadalajara), que asentó las primeras bases de la descalcez. La reforma de Villacreces tuvo un alcance limitado, pero pronto, en Extremadura, continuaron los vientos de renovación franciscana a través de Juan de la Puebla (1453-1495), que obtiene un breve de Inocencio VIII otorgándole licencia para elevar dos conventos de estricta observancia de la regla. En 1487, una bula constituye estos conventos como la custodia de los Ángeles, con el tiempo se unen nuevas fundaciones y en 1517 la custodia alcanza el rango de provincia.
Juan de Guadalupe, discípulo y sucesor de Juan de la Puebla, es considerado el verdadero iniciador de la descalcez en su sentido más estricto. Éste logra adquirir cierta independencia dentro de la orden a partir de la bula Sacrosantae Militantis Ecclesiae, promulgada por Alejandro VI en 1496, que autoriza a Guadalupe a fundar conventos, colocándole bajo dependencia directa del ministro general y liberado de limitaciones geográficas a la hora de realizar predicaciones. En el año 1500 Juan de Guadalupe logra fundar cuatro conventos que habían sido cedidos por la provincia franciscana de Santiago, y que se constituyen como custodia del Santo Evangelio, cuyo nombre cambia León X en 1515 por custodia de Extremadura. También en 1508, a raíz de las fundaciones de Guadalupe en Portugal, es creada la Custodia de Nuestra Señora de la Piedad.
Una mayor autonomía a los descalzos sería reconocida en el año 1519, cuando la custodia de Extremadura se convierte en la provincia de San Gabriel, la primera puramente descalza. El camino para establecer la reforma de los descalzos en España continuó con Juan Pascual, que fundó un eremitorio en Galicia, además de otras casas y logró un breve pontificio en 1541 permitiendo a religiosos de cualquier orden abrazar la descalcez y unirse a sus comunidades. En 1559 las fundaciones de Juan Pascual quedarían integradas en la Custodia de San José, que en el año 1561 sería elevada a provincia.
Finalmente el impulso definitivo vino de la mano de San Pedro de Alcántara, que llegó a ser confesor de Carlos V y fundador de un convento en el Palancar (Cáceres), el cual sería la primera fundación de la reforma alcantarina y el que puso las bases para la creación de la provincia descalza de San José (1561), de la que el mismo Alcántara fue provincial. La recién creada provincia de San José y la de San Gabriel, sirvieron de trampolín para crear nuevas provincias descalzas (San Juan Bautista de Valencia, San Pablo de Castilla la Vieja...etc...), cuyos miembros eran llamados "alcantarinos". En junio de 1578, la bula Ad Hoc Nos Deus, concedía plena autonomía a las provincias descalzas de San José y San Gabriel, favorecía la creación de nuevos conventos descalzos, y situaba como superior al maestro general de la orden franciscana, en adelante, único punto en común con los franciscanos observantes.
Los conventos observantes y descalzos siguieron su desarrollo sin graves sobresaltos hasta el siglo XIX, en el cual España vivió una serie de avatares políticos que provocaron que los conventos de las órdenes masculinas españolas fueran exclaustrados en varias ocasiones y sus bienes desamortizados. En 1808 José I Bonaparte se sentaba en el trono español y estallaba la Guerra de la Independencia (1808-1814), en este periodo las órdenes religiosas fueron suprimidas a partir de un Real Decreto de 1809, los frailes franciscanos abandonaron sus conventos, muchos de los cuales fueron destrozados por la guerra, a la vez que era expoliado su patrimonio.
Con la vuelta de Fernando VII al trono las órdenes religiosas fueron rehabilitadas y los conventos devueltos, pero en 1820 el pronunciamiento de Riego trajo el Trienio Liberal (1820-1823) durante el cual se promulgó la Ley sobre monasterios y conventos, por la que muchos conventos fueron exclaustrados de nuevo. La restitución del reinado de Fernando VII hizo que se interrumpiese el proceso de exclaustración y se devolviesen los conventos expropiados, pero varios años más tarde, en 1835 se produce un nuevo proceso de exclaustración que cierra definitivamente la práctica totalidad de conventos masculinos españoles. Posteriormente los bienes eclesiásticos fueron adquiridos por el estado y vendidos en subasta pública en la conocida desamortización de Mendizábal.
La restauración de los franciscanos en España tiene lugar en 1856, cuando se abría el colegio de Priego (Cuenca) para formar misioneros destinados a Marruecos y Tierra Santa, dándose así inicio a una nueva etapa en el franciscanismo en España. El 1897 los franciscanos observantes, descalzos-alcantarinos y recoletos son unidos en una misma orden como Hermanos Menores (OFM) por el papa León XIII.
