Según la tradición, el convento sería fundado por el propio San Francisco de Asís, que acudió a ver al rey de Castilla Alfonso VIII a Plasencia y para ello se alojó en la ermita de Santa Catalina del Arenal. Los vecinos pedirían la fundación de un convento a San Francisco, cosa que el tuvo en cuenta, y a su llegada a Italia, mandó hacia Plasencia varios frailes que fundarían el convento al lado de la ermita de Santa Catalina. No obstante, el primer documento que se conserva del convento, es una bula papal de Gregorio IX, de 26 de mayo de 1233, en la que trata con el obispo de Coria la oposición de los franciscanos a la fundación del convento de religiosas cistercienses de San Marcos. Todo ello nos lleva a pensar que la fecha de fundación se produjo algunos años antes. Durante el s. XIV disfrutaron de los favores ofrecidos por los nobles de Plasencia, como el militar Alfonso Ferrandes del Bote o Alfonso Pérez, que fue patrón de la capilla de San Francisco, en la que se mandó enterrar según escritura de 26 de agosto de 1329. En 1338 un incendio destruye el convento, por lo que han de emprender la construcción de una nuevo, para tal fin contaron con la donación de 400 maravedíes de Engracia Monroy. La nueva iglesia de San Francisco fue terminada en el s. XV. Durante la Guerra de la Independencia el convento sufrió graves daños por las tropas francesas. Aunque los frailes regresaron, el convento cerraría definitivamente sus puertas en 1835 tras implantarse la exclaustración decretada por Mendizábal.
En el año 1837, debido a la desamortización, expulsaron a los frailes que aún permanecían en el convento, en este momento también se trasladaron esculturas e imágenes a otros edificios religiosos de la ciudad.
A Plasencia le fue otorgada la dignidad episcopal en 1189, por ello, desde muy temprano estuvo poblada por órdenes mendicantes. La llegada de los dominicos se produjo en 1216, en un pequeño convento que fundaron detrás de la parroquia de San Miguel. Allí permanecieron hasta que el matrimonio formado por Leonor Pimentel, hija del conde de Mayorga y Álvaro de Zúñiga y Guzmán, señor de la ciudad, que en 1476 sería el I duque de Plasencia, comenzaron los movimientos para fundar una casa en la que los dominicos viviesen en mejores condiciones. Cuenta la tradición que la iniciativa de fundación del convento, parte de un milagro que sucedió tras la muerte por enfermedad del primer hijo del matrimonio, Juan de Zúñiga y Pimentel. Antes de ser enterrado el cuerpo, rezaron los padres a San Vicente Ferrer, dominico que había sido canonizado en 1455, prometieron fundar iglesia y convento dominico si el niño recuperaba la vida. Finalmente el niño resucitó de manera milagrosa, por lo que, el matrimonio inició las gestiones para fundar el convento. El matrimonio recurrió al papa Sixto IV, con el que mantenían amistad, y éste concedió una bula, en 1473, otorgando bienes, además realizó varias donaciones de terrenos en los años siguientes. También Enrique IV otorgó derechos de servicio y montazgo del Puerto de Malpartida y ayuda perpetua de 50.000 maravedíes, en una Real Cédula firmada en Baeza el 10 de junio de 1472. Este privilegio fue confirmado posteriormente por los Reyes Católicos. En 1477 comenzó la edificación del edificio conventual en un terreno, conocido como La Mota, que Álvaro de Zúñiga, ya duque de Plasencia, donó y en los que antiguamente se ubicaba una forteleza musulmana y después una sinagoga. Las obras del edificio llegaron a su fin en 1484, llevándose a cabo la toma de posesión el 30 de marzo de 1486, recibiendo el convento el padre provincial de la orden, fray Juan de Sancti Spiritu. la iglesia fue bendecida el 13 de abril de 1487. En el siglo XIX la vida del convento llegó a su fin tras sufrir la decadencia derivada de los avatares de la época. En 1808, durante la Guerra de la Independencia, el general Lefevre invadió Palencia y realizó un saqueo del convento de San Vicente Ferrer, al que usó como cuartel para sus tropas, lo mismo que haría posteriormente el mariscal Ney. Los religiosos pudieron regresar tras el fin de la contienda y la vuelta la normalidad de la vida religiosa, pero se encontraron con un convento intensamente deteriorado y cuyos bienes habían sido saqueados casi en su totalidad. En 1835 el convento cerró definitivamente sus puertas tras la aplicación de los decretos de exclaustración del ministro Mendizábal.
Durante los siglos XV y XVI prácticamente todas las órdenes religiosas sufrieron un proceso de reforma para huir de la relajación de costumbres que se había instalado en la mayoría de conventos.
La reforma de la rama femenina de carmelitas fue inaugurada por la monja del convento abulense de la Encarnación, Teresa de Cepeda y Ahumada, que pasaría a la historia conocida como Santa Teresa de Jesús.
Este camino lo inició en 1560 y para ello contó con la ayuda de San Pedro de Alcántara, San Juan de Ávila o San Francisco de Borja.
En 1562 Teresa logra fundar el primer convento de su reforma, el de San José en Ávila, donde aplica la regla carmelita en su versión más primigenia. Así nace la primera casa de carmelitas descalzas, que recibe el visto bueno papal en 1575 con la bula Cum Nobis, pasando a formar parte oficialmente de la orden del Carmelo en 1577, al tiempo que recibe estatutos y ordenaciones propios. Las constituciones para las carmelitas descalzas serían redactadas por la propia Santa Teresa de Jesús, y aprobadas en 1581.
A la muerte de Santa Teresa ya habían sido fundados 17 conventos en España. El proceso de independencia culmina en 1593 cuando los descalzos se erigen como rama independiente de los carmelitas a partir de la bula de Clemente VIII de 20 de diciembre de 1593.
Los siglos XVII y XVIII supusieron la expansión por Europa de la reforma teresiana, fundándose en 1684 un cenobio en Lisboa, que sería el primer convento teresiano fundado fuera de España. A continuación fue fundado otra en Génova en 1690 y desde ahí la orden se extendió por Francia y Bélgica.
En el siglo XIX se redujeron el número de fundaciones y los bienes de los conventos de ambos sexos en España fueron desamortizados a partir de la legislación de la época, no obstante la orden no fue afectada por los procesos de exclaustración y a día de hoy sigue teniendo una gran presencia en España y el mundo.