El convento fue fundado por Elena Donoso Cortés Gómez Valdés .Las obras de construcción duraron dos años, inaugurándose con la primera misa en su Capilla el 30 de septiembre de 1883.
El convento se fundó en casa de la noble María de la Cerda Porcallo, nieta de Hernando de la Cerda, el 27 de enero de 1628 en su palacio, conocido hasta entonces como "palacio de los Arcos"
El edificio fue exclaustrado durante la Guerra de la Independencia, cuando fue ocupado como cuartel por los franceses, y nuevamente durante unos meses en 1931, pero siguió en uso hasta 1993. El palacio acogió a las carmelitas hasta que en 1993 se marcharon al nuevo convento de Santa Bárbara que les regala el empresario Moll de Miguel tras comprar su antigua casa, que en 2008 vende.
Durante los siglos XV y XVI prácticamente todas las órdenes religiosas sufrieron un proceso de reforma para huir de la relajación de costumbres que se había instalado en la mayoría de conventos.
La reforma de la rama femenina de carmelitas fue inaugurada por la monja del convento abulense de la Encarnación, Teresa de Cepeda y Ahumada, que pasaría a la historia conocida como Santa Teresa de Jesús.
Este camino lo inició en 1560 y para ello contó con la ayuda de San Pedro de Alcántara, San Juan de Ávila o San Francisco de Borja.
En 1562 Teresa logra fundar el primer convento de su reforma, el de San José en Ávila, donde aplica la regla carmelita en su versión más primigenia. Así nace la primera casa de carmelitas descalzas, que recibe el visto bueno papal en 1575 con la bula Cum Nobis, pasando a formar parte oficialmente de la orden del Carmelo en 1577, al tiempo que recibe estatutos y ordenaciones propios. Las constituciones para las carmelitas descalzas serían redactadas por la propia Santa Teresa de Jesús, y aprobadas en 1581.
A la muerte de Santa Teresa ya habían sido fundados 17 conventos en España. El proceso de independencia culmina en 1593 cuando los descalzos se erigen como rama independiente de los carmelitas a partir de la bula de Clemente VIII de 20 de diciembre de 1593.
Los siglos XVII y XVIII supusieron la expansión por Europa de la reforma teresiana, fundándose en 1684 un cenobio en Lisboa, que sería el primer convento teresiano fundado fuera de España. A continuación fue fundado otra en Génova en 1690 y desde ahí la orden se extendió por Francia y Bélgica.
En el siglo XIX se redujeron el número de fundaciones y los bienes de los conventos de ambos sexos en España fueron desamortizados a partir de la legislación de la época, no obstante la orden no fue afectada por los procesos de exclaustración y a día de hoy sigue teniendo una gran presencia en España y el mundo.