Su nacimiento en las Cortes de Valladolid de 1385 se inscribe en el proceso de centralización iniciado por los Trastámara. En su primera etapa (1385-1522) se definen plenamente su estructura y funciones casi inalterables a lo largo de los siglos.
Desde el principio se erige como el instrumento clave al servicio de la Corona en el orden político. Su antigüedad, la amplitud de funciones, la discrecionalidad de su actividad, su condición de árbitro de conflictos interconciliares, la paternidad de los consejos menores - Inquisición, Órdenes, Indias - le dieron tal primacía sobre el resto que despertó recelos de Secretarios y Validos.
En 1598 se estructuró definitivamente en cuatro Salas de Gobierno y una de Justicia. Radical, aunque efímera, fue la reforma de Felipe V en 1713 para combatir su hipertrofia y, sobre todo, su autonomía. Extendió sus competencias a la Corona aragonesa, fue en el siglo XVIII una institución poderosa frente al resto de Consejos y un vehículo eficaz de la política ilustrada. Extinguido en 1809, su precaria vida (aboliciones y restauraciones en cadena) estaría a la merced del éxito o fracaso de la burguesía liberal hasta su supresión definitiva en 1834.

La administración de las finanzas reales de la Corona de Castilla estuvo atribuida desde la Edad Media a la Contaduría Mayor de Hacienda. Sin embargo, las deficiencias en el funcionamiento de la Hacienda, agravadas por las innovaciones que supuso la llegada de Carlos V, hicieron necesaria la creación de un organismo encargado específicamente de la búsqueda de nuevos recursos y sistemas de recaudación, y del control de la contabilidad y la tesorería. Pese a que el Consejo de Hacienda se creó como tal en 1523, su vida será inestable durante todo el siglo, regulada por múltiples disposiciones, hasta que las ordenanzas de El Pardo de 1593 fijen su planta y atribuciones. Durante este periodo, su composición variará ostensiblemente, estando formado por un Presidente y varios Consejeros, entre los que destacan las figuras del Secretario, el Tesorero General, el Escribano de Finanzas y dos Contadores de Hacienda. El siglo XVII se inaugura con las ordenanzas de Lerma de 1602, que, en un intento de solucionar la conflictividad existente entre el Consejo de Hacienda y la Contaduría Mayor de Hacienda, fusionan ambas instituciones en un único órgano denominado Consejo de Hacienda y Contaduría Mayor, al que se sumarán el tribunal de Oidores y la Contaduría Mayor de Cuentas. La vida de este organismo seguirá siendo regulada por múltiples disposiciones (1621,1635, 1651, 1647, 1691), constituyendo las principales novedades del periodo la organización del Consejo en Salas de Gobierno y Justicia y la organización de la Comisión de Millones como sala independiente (1658). A comienzos del siglo XVIII, en el año 1713, el Consejo de Hacienda es una complicada organización compuesta por más de 60 miembros, articulada en las siguientes dependencias: Sala de Gobierno, Sala de Justicia, Sala de Millones, Sala Criminal y Contaduría Mayor de Cuentas. Esta complejidad, unida a la ineficacia de su funcionamiento, provocará la progresiva pérdida de competencias gubernativas del Consejo en favor de otras instituciones hacendísticas de nueva creación (Superintendencia General de Hacienda y la Secretaría del Despacho de Hacienda, principalmente), quedando relegado el Consejo a la función judicial en apelación. Tras la reforma de 1803, en la que recibe el vacío nombre de Consejo Supremo de Hacienda, su supresión en 1834 será consecuencia de la gran reforma de la administración central subsiguiente a la muerte de Fernando VII y a la implantación definitiva del liberalismo. Siguiendo los principios de la separación de poderes y de la simplificación institucional, sus competencias administrativas pasarán a la Secretaría del Despacho de Hacienda, y las judiciales al Tribunal Supremo de Hacienda, de nueva creación.