Tiene su origen en la fundación de un cenobio en el primer decenio del siglo XVII gracias al patrocinio del Concejo y de la familia Pizarro, que intercedieron ante el rey para que se establecieran los mercedarios en las casas de la Obra Pía de Catalina de la Cueva.
A mediados del siglo XVII se trasladaron a este otro lugar, donde construyeron su convento entre 1660 y 1680, interviniendo en las obras los maestros de arquitectura Francisco Díaz y Alonso Ramos.
La guerra de la Independencia ocasionó serios destrozos en el convento de la Merced, y en 1820 fueron exclaustrados sus frailes.

Nació en Escurial (Cáceres), fue el quincuagésimo primer Obispo de Plasencia desde el 24 de enero de 1695 hasta el 9 de diciembre de 1698, anteriormente de Ciudad Rodrigo. Primer Catedrático de Teología Moral de la Universidad de Salamanca. Rector, Definidor General de la Orden de la Merced, calificador de la Inquisición y teólogo del Rey

El 10 de agosto de 1218, san Pedro Nolasco fundó en Barcelona la Orden de la Virgen María de la Merced de la redención de los cautivos, con la participación del rey Jaime de Aragón y ante el obispo de la ciudad, Berenguer de Palou.
Por la confirmación del Papa Gregorio IX, el 17 de enero de 1235, la Iglesia testificó la acción del Espíritu Santo en la fundación de la Orden; la ratificó en la práctica de la regla de San Agustín; le dio carácter universal incorporándola plenamente a su vida y sancionó su obra como misión en el pueblo de Dios.
Entre 1776 y mediados del s. XIX se producen las últimas redenciones de cautivos,11​ por lo que desde ese momento se hace necesario redefinir las funciones de la Orden. Así, desde la restauración de la Orden en 1880 por el Maestro General P. Pedro Armengol Valenzuela, se produjo una reflexión para profundizar en cuál debía ser la tarea de los mercedarios en los nuevos tiempos.
A partir de ahí, abren colegios y se establecen misiones. Destaca también su presencia en las guerras de los Grandes Lagos Africanos
En las Constituciones de la Orden, en vigor, de 1986 se definen sus actividades