Surgió siguiendo el espíritu de San Jerónimo y Santa Paula, un grupo de ermitaños castellanos encabezados por Pedro Fernández Pecha y Fernando Yáñez de Figueroa, los cuales resolvieron sujetarse a vida cenobítica. Gregorio XI les concede esta gracia, aprobando la orden el 18 de octubre de 1373, les otorga la Regla de san Agustín, les permite que puedan hacer constituciones propias y que se llamen hermanos o ermitaños de San Jerónimo. Comienza la evolución por constituir en monacato regular lo que tan espontáneamente nacía al soplo del Espíritu Santo. Ya en 1415, fecha de la unión de la Orden, pueden contarse 25 monasterios. Siguen las fundaciones hasta llegar, en España, a 46 monasterios cuando llega la revolución liberal del siglo XIX.
La nefasta Desamortización de Mendizábal (1835) deja la Orden de San Jerónimo totalmente suprimida. Los 46 monasterios existentes, con los alrededor de mil monjes que en ellos residían, desaparecen. La suerte de estas casas fue muy diversa: las más acabaron en ruinas, otras fueron rescatados por la Iglesia o entregados a otras órdenes religiosas, otras quedaron convertidas en cualquier cosa: fábrica de cerveza, cebadero de cerdos, fincas de recreo…
Hay dos intentos de restauración, uno en El Escorial (1854) y otro en Guadalupe (1884), por monjes exclaustrados, pero que no llegaron a cuajar.
Existían monasterios jerónimos en Portugal, pero en aquella misma época también a ellos les afectó otra exclaustración en 1834. Traspasado el umbral del siglo XX se proyectan otros intentos con muy buena voluntad, pero de poca o casi ninguna consistencia.
Junto a los Jerónimos, surgen las monjas Jerónimas. Todo un linaje de claras y virtuosas mujeres que siguen sus huellas, como en otro tiempo las santas Paula y Eustoquia siguen a Jerónimo. Esta rama comienza en Toledo. Un grupo de mujeres de santa vida, entre las que destacan María García y Mayor Gómez, empiezan ejercitándose en obras de humildad y caridad y, por fin, se retiran a una casa de su propiedad para consagrar sus vida a Dios en oración y penitencia. Alma de esta floración es fray Pedro Fernández Pecha que en 1374 fundaba el Monasterio de Santa María de La Sisla en las proximidades de la ciudad. Este primer brote dio origen al Monasterio de San Pablo de “beatas de San Jerónimo”, como se las comenzó a llamar. Se mantienen con gran fama de observancia y santidad y se propagan por distintos lugares de España.