Creada a comienzos del siglo XVI, fue desde sus inicios el cauce por el que se tramitaban multitud de asuntos eclesiásticos en la Curia romana, tanto de orden beneficial como matrimonial u otro tipo. Bajo la autoridad protectora del embajador, el agente y procurador general debía cuidar con celo para que la Curia, sobre todo la Dataría y la Cancillería, no rebasasen sus límites y atribuciones; es decir, debía conocer bien las regalías de la Corona, cuya defensa le estaba encomendada.
Aunque la Agencia nació en función de unas necesidades concretas y con un carácter eminentemente práctico, no impidió que de su ejercicio fuera surgiendo una especie de normativa que fue creando un aparato jurídico-canónico sobre la forma de llevar a cabo las negociaciones con la Curia romana; es decir, de la práctica diaria se pasó al plano teórico que pretendía recortar las reservas pontificias y ampliar las regalías del patronato universal, por cuya consecución se luchó con denuedo en la primera mitad del setecientos. La Agencia tenía unas funciones bien delimitadas, según se expresa en las instrucciones que se dan a algunos agentes en el momento de su nombramiento.
Los tribunales romanos con quienes tenía que trillar el agente eran fundamentalmente la Dataría, encargada de la materia beneficial y de las dispensas matrimoniales; la Cancillería, que expedía las gracias consistoriales; la Penitenciaría, que expedía las gracias espirituales relacionadas con el fuero interno y en casos excepcionales también en el externo, y la Secretaría de breves, que Inocencio XI desgajó de la Secretaría de Estado en 1676.
Hoy en día es un servicio a las Diócesis españolas, facilitando a los Obispos españoles la tramitación de asuntos de diversa índole ante los diferentes organismos de la Curia romana u otras instituciones. El agente de preces puede desempeñar la función de procurador para los asuntos que así lo requieran, cuando exista el encargo oportuno por parte del Obispo interesado, y podrá asimismo ejercer como asesor jurídico si fuera necesario, está vinculada actualmente al Pontificio Colegio Español de San José