El origen del convento hay que situarlo en plena expansión de la observancia, apoyada por los Reyes Católicos y el Cardenal Cisneros. La bula papal de Alejandro VI, de 31 de octubre de 1500, donde establece que los franciscanos se asienten en Trujillo, usando para ello el solar de una antigua mezquita. Un año más tarde, el 8 de diciembre de 1501, los Reyes Católicos mandan una carta al obispo de Plasencia cediendo a los observantes de Trujillo una mezquita que poseían los árabes, a fin de hacer en ella un convento.
La fundación fue completada con lo que estipulaban varias cédulas, así tenemos la de 15 de abril de 1502 en la que se adhiera al convento una mezquita, la del 14 de septiembre del mismo año por la que se establece la venta de casas para el convento, o la de 25 de noviembre de 1505, año en que comienzan las obras, en la que se ordena compra de terrenos para el mismo fin. En 1513 la comunidad de frailes estaba asentada en el convento.
Las obras de la iglesia finalizaron en noviembre de 1599, inaugurándose el templo el 26 de mayo de 1600; data también de entonces el claustro, pero no así la cúpula y la linterna del crucero, que se realizaron durante el siglo XVIII
En 1835 el convento cierra sus puertas debido a la exclaustración decretada por Mendizábal.

Fue creado por San Francisco en 1221 debido a que muchos hombres y mujeres casados, y el clero diocesano, estaban pidiendo abrazar su estilo de vida y no podían entrar ni en la primera orden ni en la segunda. Dentro de la Tercera Orden de San Francisco, es necesario distinguir entre la Tercera Orden Regular y la Tercera Orden Seglar.
A finales del siglo XIII los terciarios regulares tenían muchos conventos en varias ciudades y pueblos de Italia. El 11 de Julio, 1295, el Papa Bonifacio VIII promulgó la Bula “Cupientes Cultum” que concedía a los terciarios Regulares el derecho de tener sus propios lugares de culto. Con ello aprobaba la vida común de los terciarios y los ministerios pastorales que ellos ofrecían al pueblo. Los miembros de la rama masculina de los Terciarios Franciscanos, que habían abrazado la forma de vida religiosa “regular,” fueron conocidos como Tercera Orden Regular.
Mediante la bula “Pastoralis officii” el Papa Nicolás V aprobó el 20 de Julio, 1447, la unión de un grupo de fraternidades masculinas de Terciarios Franciscanos y la estableció como una Orden independiente, bajo un Ministro General y su Consejo.